Ao grudar os olhos na tela para assistir a MIB 2, cujo tom é muito próximo do original, é possível perceber que muito do impacto do filme tem a ver com o fator novidade.

Partindo da premissa de que o público está familiarizado com a idéia de agentes secretos combatendo alienígenas escondidos entre nós, o segundo MIB começa com um suposto filme de ficção científica tão ruim, que os extraterrestres chegam em espaçonaves nas quais os fios estão plenamente visíveis.

Em seguida, vemos um dia como outro qualquer na vida do agente Jay (Will Smith). Ele precisa salvar os passageiros do metrô de Manhattan dos dentes de uma serpente enorme que está devorando o trem.

O aumento na atividade dos alienígenas sinistros foi provocado pela chegada de Serleena (Lara Flynn Boyle), uma supercriminosa E.T. que se transforma de planta carnívora em linda modelo de lingerie enquanto procura um artigo que lhe dará o poder de destruir o mundo. Ela conta com a suposta ajuda de um assistente de duas cabeças.

A parte mais engraçada do filme envolve Jay, que é o líder da agência - seu mentor, Kay (Tommy Lee Jones), foi aposentado - indo para a cidade na companhia de um cão falante e sarcástico chamado Frank.

Veterano de uma cena no filme original, no qual era um informante valorizado por Kay por seu conhecimento das ruas, Frank é um nova-iorquino malandro que nunca hesita em dizer o que pensa.

Desta vez, ele não poupa comentários quando Jay se engraça com a bela Laura (Rosario Dawson), que trabalha numa pizzaria e viu um E.T.

Jay acaba encontrando Kay, que está trabalhando na agência dos correios de uma cidadezinha litorânea do Massachusetts. Kay é a única pessoa que sabe onde se encontra o objeto que Serleena procura, mas, como foi "neuralizado" no final do primeiro filme, perdeu a memória.

Tempo demais é gasto convencendo-o de que é inevitável reverter o processo para que o mundo possa ser salvo, e não é fácil injetar gás no balão cômico depois que ele começa a vazar.